Por un lado, los contenidos erosionados, que sirven para dividir la Instrucción en cuatro apartados: Revelación, Cristología, Eclesiología y Moral. Por otro lado, está el problema de fondo, una teología no católica, no solamente por el contenido, sino también por una actitud de distonía con el Magisterio de la Iglesia, pero que se ampara en lo católico (cf. nn. 2 y 4). Esto podría aparecer manifestado con otros contenidos distintos de los analizados en esta Instrucción y seguiría siendo el mismo problema, pero, en concreto, presenta hoy por hoy esos cuatro nodos polémicos. Este problema teológico se inscribe, a su vez, en una dificultad mayor: "Los Obispos hemos recordado en varias ocasiones que la cuestión principal a la que debe hacer frente la Iglesia en España es su secularización interna" (n. 5). Así pues, el hecho de que "pervivan y se propaguen enseñanzas que dañan la unidad e integridad de la fe, la comunión de la Iglesia y proyecten dudas y ambigüedades respecto a la vida cristiana" (n. 3) es solamente uno de los síntomas de un problema mayor.
Algunos teólogos, cuyo peso intelectual en algunos casos no va más allá de la notoriedad que les otorgan los medios de comunicación que los instrumentalizan para sus propios fines, se han dado por aludidos y, como cabía esperar, se han amparado en la apelación a la libertad de expresión. Sin embargo, ésta no es la cuestión, pues la libertad de expresión nadie se la niega, desde luego los obispos no, incluso estoy convencido de que, llegado el caso, saldrían en defensa de ella. Estos teólogos pueden mantener las opiniones que quieran y profesar el credo y religión que elijan. Pero los católicos tienen también derecho a que no pasen por católicas las opiniones e ideas que no lo sean y, nunca mejor dicho, a que no les hagan comulgar con ruedas de molino.
Sin necesidad de entrar en razonamientos eclesiológicos, a nadie se le escapa que cualquier grupo humano, para poder mantenerse como tal, necesita que entre los miembros que lo integran haya una cohesión en cuanto a los fines, contenidos, actividades, etc. y fidelidad a la identidad del grupo. Por ello, un elemento esencial es la capacidad que los grupos tienen de admisión de miembros, disciplina interna y, llegado el caso, expulsión de aquellos que dañen seriamente al grupo. Cuando las ideas y creencias son un elemento esencial en la vida del conjunto, la cohesión del grupo depende grandemente de estos elementos. A nadie le extrañaría que, en un partido socialdemócrata, se abriera expediente disciplinario a los militantes que defendieran ideas liberales o bien que, en un partido liberal, se hiciera lo propio con quien defendiera ideas socialistas, lo cual no implica un atentado a la libertad de expresión, sino el simple ejercicio de la libertad de asociación.