Los partidos independentistas tratan de obtener el máximo rendimiento del Caso Pegasus, la intervención remota de los teléfonos de algunos líderes separatistas a cargo del Centro Nacional de Inteligencia (CNI) y con orden judicial. Así, se está utilizando la información proporcionada por la ya exdirectora del centro en la comisión de secretos oficiales del Congreso para alimentar la polémica. La última filtración ha aparecido en el diario La Vanguardia y en ella se asegura que el CNI accedió al teléfono de los participantes en las negociaciones para formar gobierno en la ciudad de Barcelona tras las últimas municipales.
Para el independentismo está probado que el CNI participaba en una operación de Estado para impedir que el candidato de ERC, Ernest Maragall, fuera designado alcalde de Barcelona, a pesar de que obtuvo los mismo escaños (10) pero más votos que Ada Colau. Según el diario de Godó, la intrusión en el teléfono de uno de los dirigentes de ERC que participaban en las negociaciones tenía como objetivo estar al corriente de la situación.
Ernest Maragall considera demostrado que el CNI pretendía que las negociaciones no llegaran a buen puerto y de ello estaba al tanto la propia alcaldesa. "Para mantener el poder, todo vale, incluso la ayuda del CNI", ha llegado a decir Maragall. Colau, por su parte, exige una rectificación, considera las acusaciones una "barbaridad" y las relaciona con que sólo queda un año para la celebración de las elecciones municipales. El jefe de ERC en el Ayuntamiento de Barcelona afirmó además que "Colau se lo debería pensar dos veces antes de continuar con tranquilidad en su cargo sabiendo que fue objeto de una manipulación explícita".
Maragall no fue designado alcalde por el voto a favor de Colau de Manuel Valls, que ya ha dejado la política en Cataluña y que presume de que impidió que un alcalde separatista se hiciera con Barcelona. Para el dirigente de ERC, el exprimer ministro francés fue "un juguete más de esta operación de Estado" contra el independentismo. A juicio de Maragall, las elecciones municipales en Barcelona resultaron alteradas por el espionaje del CNI, una acción de la que, deduce, se benefició Colau.