Alfredo Pérez Rubalcaba habría utilizado a altos mandos de la Policía para conocer datos del caso Malaya cuando aún se encontraba bajo secreto de sumario, tal y como cuenta el diario La Gaceta. De hecho, sólo el secretario judicial, el juez y el fiscal tenían acceso a la información, aunque los pormenores del caso eran conocidos por los inspectores que investigaban el caso.
Este hecho se ha conocido gracias a unas conversaciones telefónicas entre varios mandos policiales en 2006 y publicadas ahora por el diario de Intereconomía. Así, el ministro del Interior se interesó por el caso por dos vías: a través del jefe Superior de Policía de Andalucía Oriental, Luis de Haro, y mediante el comisario Juan Antonio González, jefe de la Policía Judicial, que mandó a su segundo, José Luis Olivera, a realizar estas gestiones.
De este modo, estos dos mandos policiales realizaron varias llamadas a los investigadores del caso Malaya para pedirles información sobre uno de los imputados, Fidel San Román, empresario vinculado a una de las tramas corruptas del PSOE situada en Ciempozuelos.
De este modo, Olivera llamó al comisario jefe de la operación contra el Ayuntamiento de Marbella para preguntarle si sabía algo sobre Fidel San Román. Éste contestó que no sabía nada, pero dos horas más tarde llamó al inspector responsable que le indicó que San Román iría a la cárcel.
Este dato siguió la dirección contraria hasta que llegó a los dos mandos policiales de confianza de Rubalcaba que, según las conversaciones, habría sido el que había pedido la información sobre el imputado.
Pero la cosa no quedó ahí puesto que, cinco días más tarde, Olivera volvió a llamar al comisario del caso Malaya para que le consiguiese la declaración y el auto de San Román. Once días más tarde, ya con la declaración, la cúpula policial pidió la segunda declaración del imputado, que había cambiado su testimonio. Ahora querían saber también si saldría de la cárcel o no.
En una de las conversaciones entre el comisario de Malaya y uno de los investigadores, éste último le comentó que le había llamado el jefe superior de la Policía de Andalucía Oriental diciendo que "se lo ha pedido el ministro".