La colaboración entre ETA y las FARC fue aprobada por la cúpula de la banda etarra en noviembre de 1999, según la documentación a que se hace referencia en el auto judicial, aunque los contactos entre ambas organizaciones y las primeras actividades de entrenamiento de ETA en la selva venezolana ya se habían producido unos años antes, en 1993.
El auto resalta el papel que juegan en todos estos contactos una serie de etarras, como José Ignacio Echarte, José Angel Urtiaga o José Miguel Arrugaeta, todos los cuales carecían de antecedentes penales en España pero fueron deportados por las autoridades francesas a Cabo Verde, Panamá o Cuba, así como de Arturo Cubillas, marido de una alto cargo del gobierno venezolano de Hugo Chávez.
La colaboración entre ETA y las FARC no se limitaba al intercambio verbal de experiencias, sino que incluia el entrenamiento mutuo y algunos otros favores, como la petición a ETA por parte de los terroristas colombianos de que realizaran labores de vigilancia sobre el personal de la embajada colombiana en España. Los cursos de entrenamiento de terroristas de las FARC se iniciaron en 2003, fueron interrumpidos unilateralemente por ETA en 2004 y se reanudaron en 2006.
Entre los cursos de entrenamiento destaca el que dos etarras dieron en agosto de 2007 a varios miembros de las FARC "sobre técnicas avanzadas en el manejo del explosivo C4, de mayor capacidad destructiva que la dinamita, pero con menor volumen, de fácil adquisición en Venezuela y más fácil transporte, manipulación y distribución". El auto del juez Velasco señala que uno de los "instructores" etarras, Iñaki Domínguez Achalandabaso, también se encargó de las "sesiones sobre la utilización de teléfonos móviles como mecanismo iniciador de las cargas explosivas". Según el juez Velasco, en la organización de esos cursos participó un miembro uniformado de los servicios de inteligencia venezolanos. El auto del juez alude también a las reuniones de los etarras presentes en Cuba con miembros del Partido Comunista Cubano.
En sentido inverso, las FARC dieron un primer curso de entrenamiento a terroristas de ETA en el verano de 2003 y la documentación que obra en poder del juez apunta a que estaba prevista un segundo curso a finales de diciembre de 2003 o primera quincena de 2004, aunque no consta si llegó a celebrarse. Después, los contactos se interrumpen por voluntad de ETA a primeros de 2004, aduciendo (según un documento de julio de 2004) que habían sufrido muchas detenciones y no estaban en condiciones de realizarlos, volviendo a reanudarse en 2006.
El etarra encargado de impartir los cursillos sobre utilización de teléfonos móviles, Iñaki Domínguez Achalandabaso, inició su carrera como informante del comando Vizcaya, a las órdenes de Amaia Urizar de Paz (por ese motivo sería procesado en rebeldía por el juez Grande-Marlaska en 2005). En 2001, participó en un homenaje a la etarra Olaia Castresana, motivo por el cual fue condenado por el juez Vázquez Honrubia en 2002, junto con uno de sus hermanos, a un año y medio de prisión por enaltecimiento del terrorismo, en la que fue la primera condena por este tipo de delito en España. Huyó de nuestro país para eludir la cárcel y las fuerzas de seguridad españolas le situaban en 2006 y 2007 como uno de los etarras veteranos que formaban parte de los comandos operativos que le restaban a ETA. Otro hermano de este etarra fue detenido en mayo de 2004 y posteriormente expulsado por las autoridades mexicanas, durante las protestas contra la Tercera Cumbre de América Latina, el Caribe y la Unión Europea, celebrada en Guadalajara (México).
El auto del juez Velasco pone de relieve varios aspectos de interés:
- El papel que los etarras deportados a terceros países han jugado en los contactos entre ETA y otros grupos terroristas.
- La intensidad de esos contactos, que no se limitaban sólo a aprovisionamiento mutuo, sino que incluían también labores de información y entrenamiento en el uso de tecnologías avanzadas y tácticas militares
- La asombrosa libertad de movimientos de que los etarras han disfrutado en países como Cuba o Venezuela, con los que tan excelentes relaciones mantiene el actual gobierno. De hecho, el auto del juez apunta a una complacencia de ambos regímenes con las actividades de los miembros de ETA presentes en su territorio. En el caso de Venezuela, se señala la presencia de miembros de los servicios de información venezolanos en alguno de los cursos celebrados en la selva fronteriza con Colombia y también la relación familiar de uno de los etarras con una miembro del gobierno venezolano, dato que ya era conocido anteriormente.
- La relativa sofisticación de la tecnología utilizada por ETA, que incluye el adiestramiento a miembros de las FARC en el uso de explosivo C4 e iniciadores basados en teléfono móvil.
- En 2006, en pleno proceso de paz, el Gobierno español aseguraba que había verificado el cese de la actividad criminal de ETA. El auto del juez Velasco aporta una prueba más de que dicha tregua nunca existió realmente.