Santiago Carrillo no es el único que tuvo responsabilidad en la matanza de Paracuellos del Jarama (Madrid) en otoño de 1936 (4.200 asesinados totalmente identificados) pero la investigación histórica que realiza César Vidal en Paracuellos-Katyn (Libros Libres 2005) aporta datos esclarecedores sobre la implicación directa de Carrillo en estos horribles crímenes. En el momento de la matanza, Carrillo era responsable de seguridad de la Junta de Madrid.
Vidal explica que "ninguno de los que supieron, en noviembre de 1936 lo que estaba sucedieron" tuvieron dudas sobre "la responsabilidad ejecutora" de Carrillo en la matanza. Entre los textos que apuntan en esta dirección destaca el del nacionalista vasco Jesús de Galíndez –fue asesor de la Dirección General de Prisiones cuando el también peneuvista Manuel de Irujo fue nombrado Ministro de Justicia de la Segunda República– escribió en 1945 en sus memorias del asedio de Madrid:
El mismo día 6 de noviembre se decide la limpieza de esta quinta columna por las nuevas autoridades que controlaban el orden público. La trágica limpieza de noviembre fue desgraciadamente histórica; no caben paliativos a la verdad. En la noche del 6 de noviembre fueron minuciosamente revisadas las fichas de unos seiscientos presos de la cárcel Modelo y, comprobada su condición de fascistas, fueron ejecutados en el pueblecito de Paracuellos del Jarama. Dos noches después otros cuatrocientos. Total 1.020. En días sucesivos la limpieza siguió hasta el 4 de diciembre. Para mí la limpieza de noviembre es el borrón más grave de la defensa de Madrid, por ser dirigida por las autoridades encargadas del orden público. (J. de Galíndez Suárez, Los vascos en el Madrid sitiado)
La responsabilidad directa de Carrillo en estos millares de crímenes fue confirmada de manera irrefutable tras la apertura de los archivos de la antigua Unión Soviética. César Vidal recoge un documento de enrome importancia escrito a mano por Gueorgui Dimitrov, líder en ese tiempo de la Internacional Comunista al servicio de Stalin. En el texto, escrito el 30 de julio de 1937, informa de la manera en que prosigue el proyecto de toma del poder del PCE en el Gobierno del Frente Popular. La referencia a las matanzas de Carrillo aparece en relación con las críticas al ministro peneuvista de Justicia, Manuel de Irujo:
Pasemos ahora a Irujo. Es una nacionalista casco, católico. Es un buen jesuita, digno discípulo de Ignacio de Loyola (...). Se dedica especialmente a acosar y perseguir a gente humilde y a los antifascistas que el años pasado trataron con brutalidad a los presos fascistas en agosto, septiembre, octubre y noviembre. Quería detener a Carrillo, secretario general de la Juventud Socialista Unificada, porque cuando los fascistas se estaban acercando a Madrid, Carrillo, que era entonces gobernador, dio la orden de fusilar a los funcionarios fascistas detenidos. En nombre de la ley, el fascista Irujo, ministro de Justicia del gobierno republicano, ha iniciado una investigación contra los comunistas, socialistas y anarquistas que trataron con brutalidad a los presos fascistas. (...) Irujo está haciendo todo lo posible e imposible para salvar a los trotskystas y sabotear los juicios que se celebran contra ellos.
Pero, como explica César Vidal en su investigación, otro agente de Stalin, Stoyán Mínev Stepanov, delegado en España de la Komitern de 1937 a 1939, redactaba en abril de 1939 un informe sobre las causas de la derrota en España. En él también mencionaba a Carrilo de forma reveladora, al hablar de la resistencia que había plantado el PSOE tras al avance del PCE: "Provocan la persecución contra muchos comunistas (incluso también contra Carrillo) por la represión arbitraria de los fascistas en otoño de 1936". Lo que demuestra que la responsabilidad de Carrillo no sólo era conocida por el PCE y los agentes de Stalin, sino que también fue utilizada por el PSOE para frenar el avance del PCE en el seno de la guerra interna del Frente Popular.
Además de estas pruebas, ya en la época de la Transición un antiguo miliciano denominado El Estudiante que asegura que acompañó a Carrillo en sus tareas represivas, escribió una carta al ex dirigente comunista que en su momento no tuvo eco en la prensa por las ansias de reconciliación que presidían la Transición. Sí se publicó una entrevista en un diario de la época en la que se reafirmaba del contenido de la carta e, incluso, aparecía llorando en fotografías de los lugares donde , según su testimonio, Carrillo perpetró sus crímenes
En la carta, El Estudiante dice:
Hoy soy vecino de Aranjuez, tengo 65 años y en el año 1936 fui enterrador del cementerio de Paracuellos del Jarama. También estuve en la checa de la Escuadrilla del Amanecer, de la calle Marqués de Cubas 17 de Madrid, donde presencié los mas (sic) horrendos martirios y crímenes (sic). También estuve en el cuartel de asalto de la calle Pontones donde tú, Santiago Carrillo, mandabas realizar toda clase de martirios y ejecuciones de la checa de tu mando. Yo soy el pionero al que llamabas, el estudiante, que llevaba la correspondencia de las distintas checas a cambio de la comida que me dabais. ¿Me recuerdas ahora, Santiago Carrillo? ¿Te acuerdas cuando tú, acompañado de la miliciana Sagrario Ramírez, Santiago Escalona y Ramírez Roiz, alias el Pancho, en la carretera de Fuencarral km 5, el día 24 de agosto de 1936, siete de la mañana, asesinasteis al Duque de Veragua, que tú, Santiago Carrillo, madasteis (sic) que le quitaran el anillo de oro con piedras preciosas; y recuerdas que no se lo podian (sic) quitar y tú, Santiago Carrillo ordenastes (sic) que le coartaran el dedo; recuerdas, Santiago Carrillo, la noche que fuisteis a la checa de Fomento con tu coche Ford M-984 conducido por el comunista Juan Llascu y los chequistas Manuel Domicris, el Valiente, y el guarda de asalto José Bartolomé, y que entonces en el sotano (sic) mandastes(sic) quemar los pechos de la monja sor Felisa del Convento de las Maravillas de la calle de Bravo Murillo, y que así lo hizo el Valiente, con un cigarro puro. Esto sucedió el día 29 de agosto a las tres de la madrugada.
Información extraída del ensayo de César Vidal Paracuellos-Katyn, Libros Libres, 2005.