La fundación preferida por la Junta es la Fundación Migres, privada, cuestionada por el Defensor del Pueblo andaluz y en la que participa la propia Junta. Ordena y manda en ella el "biopolítico" Miguel Ferrer Baena, con buenas relaciones con el PSOE y el PP, que era director de la Estación Biológica de Doñana cuando se produjo el vertido tóxico de Aznalcóllar de la empresa sueca Bolidén. Ha sido nombrado también coordinador del Consejo Superior de Investigaciones Científicas en Andalucía.
Según relata Noticias de Almería, la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Junta de Andaucía, ha suspendido el proceso de concesión de dicha subvención al no poder dársela a la fundación de su preferencia.
La cuantía de la ayuda pública, que está cofinanciada por la Unión Europea, era de 69.440 euros, y se otorgaba por procedimiento "negociado sin publicidad", por lo que sólo dos entidades fueron las que pudieron presentar sus propuestas, la empresa Gesnatura y la Fundación Migres. El resultado de la Mesa de Contratación no dejó lugar a dudas, la primera recibió cien puntos sobre cien, mientras que la segunda 71,903.
La Fundación Migres, presidida por Miguel Ferrer Baena, tuvo entre sus patronos a dos asociaciones ecologistas, SEO Bird Life y Ecologistas en Acción, y ambas acabaron saliendo de ella al entender que no defendía los intereses medioambientales.
Ecologistas en Acción, contra la que Ferrer ha emprendido acciones judiciales, explicó su decisión de abandonar la Fundación Migres en 2005 y su Patronato, de este modo: "El funcionamiento del Patronato no nos parece correcto; se actúa sin gerente, siendo el Presidente, Don Miguel Ferrer Baena el que asume todas las atribuciones. La mayoría de los estatutos no se cumplen y hasta la fecha de hoy no se ha formado la Comisión Científica-Tecnica ni la Comisión de Participación (Titulo: II Órganos de la Fundación - art. 8)".
Por su parte, Seo Bird Life explicó que la Fundación Migres había derivado hacia oscuros negocios de su presidente. Además, la propia Junta participa en la Fundación desde la Consejería de Medio Ambiente, y lo hizo asimismo desde la empresa pública EGMASA. También es patrono la Subdelegación del Gobierno Andaluz en el Campo de Gibraltar. O sea, que es juez y parte.
La entidad fue investigada por el Defensor del Pueblo Andaluz, en aquel momento era José Chamizo, por el modo "excepcional" de recibir subvenciones. Tras el conflicto, la Junta le quitó la subvención que venía otorgando a SEO Bird Life de casi un cuarto de millón de euros, para dárselo a la Fundación Migres.
El Defensor reclamó a la Junta ante la queja por su "dedismo"presentada por estas ayudas sistemáticas a Migres. Pidió a la administración andaluza que usara "requisitos de solvencia" a la hora de dar el dinero a las entidades concurrentes a las subvenciones por concurrencia competitiva. Pero la Junta ha buscado la excusa para paralizar la subvención al no poderse conceder a quien era su Fundación "amiga".