| Pos. |
Piloto |
Equipo |
Moto |
Tiempo |
| 1 |
Bradley Smith |
Bancaja Aspar Team |
Aprilia |
2:02.047 |
| 2 |
Alberto Moncayo |
Andalucía Cajasol |
Aprilia |
+ 0.978 |
| 3 |
Nicolás Terol |
Bancaja Aspar Team |
Aprilia |
+ 1.776 |
| 4 |
Sandro Cortese |
Avant Intact Ajo Motorsport |
Derbi |
+ 1.910 |
| 5 |
Danny Webb |
Andalucía Cajasol |
Aprilia |
+ 2.077 |
| 6 |
Marcel Schrotter |
Interwetten Honda 125 |
Honda |
+ 2.087 |
| 7 |
Tomoyoshi Koyama |
Racing Team Germany |
Aprilia |
+ 2.671 |
| 8 |
Luis Salom |
Lambretta Reparto Corse |
Lambretta |
+ 2.902 |
| 9 |
Lorenzo Savadori |
Matteoni CP Racing |
Aprilia |
+ 2.935 |
| 10 |
Takehiro Yamamoto |
Team Nobby |
Honda |
+ 3.051 |
| 11 |
Marc Márquez |
Red Bull Ajo Motorsport |
Derbi |
+ 3.122 |
| 13 |
Efrén Vazquez |
Tuenti Racing |
Derbi |
+ 3.505 |
| 14 |
Jakub Kornfeil |
Racing Team Germany |
Aprilia |
+ 3.652 |
| 15 |
Tito Rabat |
Blusens-STX |
Aprilia |
+ 3.710 |
| 16 |
Jonas Folger |
Ongetta Team |
Aprilia |
+ 3.984 |
| 17 |
Randy Krummenacher |
Stipa-Molenaar Racing GP |
Aprilia |
+ 4.043 |
| 18 |
Adrián Martín |
Aeroport de Castelló - Ajo |
Aprillia |
+ 4.896 |
| 19 |
Sturla Fagerhaug |
AirAsia - Sepang Int. Circuit |
Aprilia |
+ 5.383 |
| 21 |
Luca Marconi |
Ongetta Team |
Aprilia |
+ 5.665 |
| 22 |
Alessandro Tonucci |
Junior GP FMI |
Aprilia |
+ 6.156 |
| 24 |
Zulfahmi Khairuddin |
AirAsia - Sepang Int. Circuit |
Aprilia |
+ 6.591 |
| 25 |
Robin Barbosa |
Ongetta Team |
Aprilia |
+ 7.220 |
| 26 |
Jasper Iwema |
CBC Corse |
Aprilia |
+ 7.366 |