A diferencia de otras oportunidades, no le fue tan fácil a México clasificarse para la Copa Mundial de Corea-Japón Incluso debió recurrir a Javier Aguirre en medio de la competición para enderezar el rumbo de un equipo perdido. "El Vasco" debutó en el encuentro de la fase final ante Estados Unidos y obtuvo los 13 puntos necesarios para clasificarse en segundo lugar, por detrás de Costa Rica, producto de 4 victorias y 1 empate.

Aguirre reemplazó en el cargo a Enrique Meza, quien había dejado a un equipo mexicano sin identidad y con riesgos de quedar eliminado tras caer como local ante Costa Rica (primera derrota de México en la historia de la eliminatoria jugando en casa) y como visitante frente a Honduras. "El Vasco" cambió la base de jugadores utilizados por Meza e imprimió un estilo de juego más agresivo. Los resultados le dieron la razón. En principio, contó con el apoyo de la prensa y el público, pero sus últimos ensayos le han quitado crédito. ¿El motivo? Es cuestionado por seguir probando jugadores en vez de darle juego a una base titular, y por haber convocado al argentino nacionalizado Gabriel Caballero para defender la camiseta nacional en el máximo torneo internacional.

De su etapa como futbolista, se le recuerda como un volante potente, agresivo. Jugó en los clubes mexicanos de Guadalajara, América y Atlante. Luego ficharía por el Osasuna, de la liga española. Además, formó parte, con el número 13, de la selección que cayó por penales ante Alemania en los cuartos de final de México 1986™. Como entrenador, dirigió al Pachuca, fue campeón de invierno con el Atlante en 1999 y ayudante táctico de Miguel Mejía Barón en Estados Unidos 94. Su filosofía, según sus propias palabras, es "hacer el trabajo lo más simple posible".